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En JavaScript, todo objeto tiene una propiedad proto que referencia el objeto al cual el objeto delega. Por defecto, el padre de cada objeto es Object:

> o = {}
> o.__proto__
Object

Que es Object? una función nativa:

> Object
function Object() { [native code] }

La propiedad proto se puede setear explicitamente para especificar quien es el objeto padre:

> o.x
undefined
> o.__proto__ = { x : 10 }
> o.x
10

También se puede especificar el padre en la sintaxis literal:

> a = { x : 10 }
> b = { y : 20, __proto__ : a }
> b.x
10

Las funciones son objetos, entonces tienen un proto, el cual por defecto es una función con cuerpo vacío:

> f = function (x) { return x; }
> f.__proto__
> function Empty() {}
> f.__proto__()
undefined

Como una función es un objeto, también puede delegar a otro objeto:

f.__proto__ = { x : 10 }
f.x
10

Una función no solamente parte con proto, sino que ademas parte con una propiedad llamada 'prototype'. Esta por defecto apunta a Object. Esta propiedad se usa para setear el proto de los objetos creados via 'new' con esta función:

> f = function() {}
> f.prototype
Object
> o = new f
> o.__proto__
Object

Ojo que reasignar el 'prototype' de una función no afecta el proto de los objetos ya creados a partir de esa función. Pero si, mutar este 'prototype' afecta los objetos ya creados.

> f.prototype = { x : 10 }
> o2 = new f
> o.x
undefined
> o2.x
10
> f.prototype.y = 20
> o2.y
20